学内共同研究
- 昆虫・節足動物研究グループ
- イネ分子遺伝研究会
- 応用植物化学研究グループ
- 天然物科学研究会
- 食品バイオシステオミクス研究推進グループ
- 弥生植物科学研究会
- 「バイオマス変換」研究グループ
- ありのままの微生物
- ゲノム情報を利用した糸状菌の多様な生物機能の解析
- イネ生物圏微生物叢研究グループ
- 応用微生物研究グループ
- トラフグのポストゲノム研究と増養殖への展開
- 生態系プロセス研究グループ
- 画像情報研究グループ
- 環境修復と自然再生のための土壌圏科学研究グループ
- 酸化ストレスに対する制御機構解析研究グループ
- 遠隔微細植生環境情報グループ
- 地域森林・環境資源利用システムグループ
- キチン－タンパク質複合体の構造と機能
- バイオマス熱変換の新展開
- 微量元素とバイオテクノロジー
- 原虫研究グループ
- エピジェネティックス研究グループ
- Gastrointestinal Research Group in the Univ. of Tokyo (GR-GUT)
（消化管研究グループ）