動物医療センターは、獣医学教育に必須な施設として農学部内に設置され、各種の病気に罹患した動物の診療行為を通じて、主として病気の原因、発生機序、診断、治療、予防等に関する教育・研究が行われている。従来から使用されていた老朽化した建物の改築を機に、より高度の機能を有するベテリナリーメディカルセンターが完成し、平成3年度からは本センターの施設を利用して、診療活動と共に動物の病気に関する集学的教育研究が行われている。

本センター内には、馬・牛等の大動物の診療室・臨床実習室、X線診断室、手術室、回復室、病室、犬・猫等の小動物の診療室、処置室、理学療法室、臨床検査室、血液・病理組織・微生物・ME・生化学等の各種検査室、X線検査室、X線CT室、放射線治療室、手術準備室、手術室、回復室、集中治療室、一般入院室、感染病入院室等の診療関係の施設があり、年間延べ15000頭の動物の診療が行われている。

また、これらの診療を通じて獣医学課程の学生教育の一環である臨床実習が行われている。 この他、当施設には組織培養室、低温実験室、病理解剖室、大小のセミナー室等があり、動物の診療ならびに動物の病気に関する教員および大学院学生等の研究の場として利用されている。