図１ NAD⁺還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ(A)と呼吸鎖複合体I(B)の比較

NAD⁺還元[NiFe]ヒドロゲナーゼの水素酸化還元ユニット（HoxY＋HoxH）とNAD酸化還元ユニット（HoxF＋HoxU）はそれぞれ2つのタンパク質分子（サブユニット）からなり、複合体Iにはこれら4つのサブユニットと形のよく似たサブユニットが存在します（似たサブユニット同士を同じ色で示しています）。複合体IにはNADH酸化を行うユニットと、細胞膜にあるキノンと呼ばれる電子受容体を還元するユニットがありますが、上の図ではNADH酸化ユニット（Nqo1＋Nqo3）と電子の通り道となる鉄硫黄クラスターを持つサブユニットのみ示しています。図のようにヒドロゲナーゼのNAD酸化還元ユニット（HoxF＋HoxU）と複合体IのNADH酸化ユニット（Nqo1＋Nqo3）が同じ向きになるように並べてみると、鉄硫黄クラスターの配置がよく似ていることがわかります。数字はクラスター間の距離をÅ（オングストローム=10-8 cm）で示しています。一方、ヒドロゲナーゼの水素酸化還元ユニット（HoxY＋HoxH）と複合体Iのこれに相当するサブユニット（Nqo6＋Nqo4）は、全く異なった位置にあります。