図２ NAD⁺還元[NiFe]ヒドロゲナーゼの水素酸化還元部位の構造（A:酸化型、B:還元型）

還元型ではニッケルには4つの原子しか結合しておらず、基質（触媒反応で分解する）・水素や、酵素活性を失う原因となる酸素が近づくことができます。これに対して酸化型では、ニッケルが6つの原子と結ばれており、反応を起こす場所がすきまなくガードされており，水素も近づけませんが、酸素からも守られています。