「カイコゲノムの高精度配列情報の解釈への生物学的貢献」

発表者：勝間　進（生産・環境生物学専攻　准教授）
大門高明（生産・環境生物学専攻　助教）
藤井　告（アグリバイオインフォマティクス人材養成ユニット特任研究員）
河岡慎平（生産・環境生物学専攻　大学院生）
林　伸光（生産・環境生物学専攻　大学院生）
岸野洋久（生産・環境生物学専攻　教授）
嶋田　透（生産・環境生物学専攻　教授）

発表概要

日本と中国が共同で取り組んだカイコゲノムの高精度配列情報の解析に協力するとともに、その生物学的な解釈に大きく貢献した。

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発表内容

日本と中国が2004年に発表したカイコの全ゲノムショットガン解析の情報が、このたび統合して再計算された結果、高精度の配列データとして整備された。そこには約15,000個のタンパク質コード遺伝子が予測された。その結果は、Insect Biochemistry and Molecular Biology誌にカイコゲノム特集号として公表された。本研究科の嶋田教授らの研究グループは、ゲノム情報の解析に協力するとともに、カイコゲノムの生物機能の解明に特に貢献した。すなわち、Ｚ染色体の欠失変異を用いたマッピング、小分子RNAの網羅的な解析、およびバキュロウイルスの遺伝子に相同な遺伝子の体系的な探索、などを通してカイコゲノムの特徴を解明した。それらの成果は、同誌特集号に掲載された３報の随伴論文として発表した。

なお、本成果は(1)科学研究費特定領域研究（比較ゲノム）、(2)同若手研究Ａ、(3)独立行政法人農業生物資源研究所（アグリ・ゲノム研究の総合的な推進）からの受託研究、(4)科学技術振興調整費（農学生命情報科学大学院教育研究プログラム）、(5)ナショナルバイオリソースプロジェクト等による支援で得られたものである。

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共同研究

独立行政法人農業生物資源研究所、西南大学（中国、重慶市）、東京大学大学院新領域創成科学研究科、国立遺伝学研究所、社団法人農林水産先端技術産業振興センター農林水産先端技術研究所、ほか

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添付資料

　図の説明：カイコゲノム情報によって解明されたＺ染色体の構造。aは正常なＺ染色体を示し、bは今回塩基配列のつながり（scaffold）によってカバーされた部分を表す。c, d, eに示すようなＺ染色体の欠失変異をゲノム情報に照合することで、od（皮膚が透明）やVg（翅が退化）などの形質の原因になる遺伝子を推定できるようになった。

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発表雑誌

The International Silkworm Genome Consortium (2008) The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori. Insect Biochemistry and Molecular Biology (Volume 38, Issue 12).

Susumu Katsuma, Shinpei Kawaoka, Kazuei Mita, and Toru Shimada (2008) Genome-wide survey for baculoviral host homologs using the Bombyx genome sequence. Insect Biochemistry and Molecular Biology (Volume 38, Issue 12).

Shinpei Kawaoka, Nobumitsu Hayashi, Susumu Katsuma, Hirohisa Kishino, Yuji Kohara, Kazuei Mita, and Toru Shimada (2008) Bombyx small RNAs: Genomic defense system against transposons in the silkworm, Bombyx mori. Insect Biochemistry and Molecular Biology (Volume 38, Issue 12).

Tsuguru Fujii, Hiroaki Abe, Susumu Katsuma, Kazuei Mita, and Toru Shimada (2008) Mapping of sex-linked genes onto the genome sequence using various aberrations of the Z chromosome in Bombyx mori. Insect Biochemistry and Molecular Biology (Volume 38, Issue 12).

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注意事項

なし

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問い合わせ先

　東京大学　大学院農学生命科学研究科　生産・環境生物学専攻　
　昆虫遺伝研究室
　嶋田　透
　Mail　 toru@ss.ab.a.u-tokyo.ac.jp
　ホームページ　http://www.ab.a.u-tokyo.ac.jp/igb

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