食糧問題や環境問題など、現在、人類が直面している問題の解決には、人間を含めた全生命に関する広い知識が必要とされる。そのためには、生命機能の解明、持続的生物生産、生物による環境の保全を広範に探究する「農学生命科学」の技術と精神が必要不可欠である。平成6年には、従来の農学系研究科は農学生命科学研究科に改称され、専攻の整備が進められた。また、同年、従来の学科制を廃して課程制に移行し、基礎を広範に学び専門教育につなげていく柔軟なしくみが導入され、平成18年度にはその改正が行われた。農学生命科学研究科では、時代の要望に応じて、改組・改革が進められ、さまざまな新しい試みが行われている。
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| 年 | 月日 | できごと | メモ |
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| 平成6年(1994年) | 4月 | 大学院農学系研究科を大学院農学生命科学研究科に改称 | |
| 学科を廃止し､課程制へ移行、5課程制が発足（平成6年度入学生より適用） | 応用生命科学課程（応用生物学専修、応用生物化学専修、森林生命科学専修、水圏生命科学専修）､生物環境科学課程（環境生物学専修、森林環境科学専修、水圏環境科学専修、地域環境工学専修、材料・住科学専修）､生物生産科学課程（生産生物学専修、生物生産化学専修､応用生物学専修、水圏生産科学専修、生物システム工学専修、バイオマス化学専修）、域経済･資源科学課程（農業構造・経営学専修、開発政策・経済学専修、国際開発農学専修）､獣医学課程（獣医学専修）の5課程19専修を設置した｡ | ||
| 応用生命化学､応用生命工学（両専攻は、農芸化学専攻と独立専攻の旧応用生命工学専攻から誕生）､応用動物科学（独立専攻からの改組）､獣医学の4専攻の整備 | |||
| 11月 | 農学部7号館A棟第2期工事竣工 | 翌平成7年3月ごろ、農学部4号館が取り壊された。 | |
| 平成7年(1995年) | 4月 | 生産･環境生物学（農業生物学が改称）､森林科学（林学が改称）､水圏生物科学（水産学が改称）の3専攻の整備 | |
| アジア生物資源環境研究センター（学内共同教育研究施設）設置（10年時限） | |||
| 平成8年(1996年) | 4月 | 農業･資源経済学（農業経済学が改称）､生物･環境工学（農業工学が改称）､生物材料科学（林産学が改称）の3専攻の整備 | 大学院重点化が完了し、教官は研究科に配置換えとなり、学部は兼担となった。また、これに伴い大学院生定数は大幅に増加した。 |
| 平成9年(1997年) | 4月 | 大学院農学生命科学研究科に農学国際専攻（独立専攻）設置 | |
| 生物生産科学課程に動物生命システム科学専修を設置。森林生命科学専修を森林生物科学専修、環境生物学専修を緑地環境生物学専修、材料・住科学専修を生物材料環境科学専修、生産生物学専修を生産環境生物学専修、バイオマス化学専修を生物材料開発化学専修に改称 | |||
| 平成10年(1998年) | 3月 | 農学部7号館B棟竣工 | |
| 4月 | 副専攻制を実施 | 我が国で初めて正規に副専攻制を実施。学際的な農学国際専攻の設置に合わせて導入された（当初、農学国際専攻の学生は最低1つの副専攻の選択を必須とした）が、全専攻の修士課程の学生が選択できるようにした。 | |
| 生物環境科学課程の緑地環境生物学専修と生物生産科学課程の生産環境生物学を改め、生物環境科学課程に環境生物学専修と緑地環境学専修、生物生産科学課程に生産生物学を設置。応用生物化学専修を生命工学専修、生物生産化学専修を生命化学専修、生物材料環境科学専修を生物材料住科学専修に改称 | |||
| 新領域創成科学研究科を設置 | |||
| 6月 | 寄付講座｢食シグナル･生体統御系間相互作用（明治乳業）｣設置（設置期間5年間） | 農学部で最初の寄付講座が設置された｡ | |
| 平成11年(1999年) | 4月 | 農場､演習林､牧場､農学部の事務が合同し､農学系事務部に改組 | 事務機構の改革も進められた｡ |
 平成11年5月撮影の正門前から見た農学部 |
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| 平成12年(2000年) | 1月 | 東京大学フィリピン生圏環境管理研究施設を開設 | 農学部設立125周年記念事業の一環として計画され、平成17年3月まで設置された。 |
| 3月 | 東京大学弥生講堂竣工｡創立125周年記念式典を挙行 | 農学部設立125周年記念事業の一環として計画されたもので､（株）一条工務店の寄付により建設された｡農学の特性を生かした木質構造による省エネルギー･環境調和型の建物として設計されている｡構造部分である集成材をはじめ､多様な木質材料や羊毛断熱材など自然材料を積極的に用いている｡  弥生講堂の昼と夜の風景（竣工当時） |
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| 4月1日 | 生圏システム学専攻設置 | ||
| 附属施設を学部附属から研究科附属に移行 | このとき、附属施設の通称が決められた。附属農場→耕地生産教育研究センター、演習林→科学の森教育研究センター、牧場→高等動物教育研究センター、家畜病院→動物医療センター、水産実験所→水圏生物教育研究センター、緑地植物実験所→緑地植物教育研究センター。 | ||
| 4月 | 学系事務室を4総務事務室（8掛）に再編 | ||
| 平成13年(2001年) | 1月 | 農学部図書館を農学生命科学図書館と改称 | |
| 農場の所在地は地名変更により田無市より西東京市となる | |||
| 平成14年(2002年) | 10月 | 寄付研究ユニット｢荏原バイオマスリファイナリー（荏原製作所）｣設置（設置期間5年間） | |
| 東京大学21世紀COEプログラム「生物多様性・生態系再生研究拠点」発足（5年間） | 文部科学省研究拠点形成費補助金（21世紀COEプログラム）により設置。生物多様性と生態系の再生に向けた新しい科学の創出を目的とする。 | ||
| 平成15年 (2003年) |
4月 | 生物生産工学研究センター（学内共同教育研究施設）設置（時限による転換） | |
| 農業構造・経営学専修を比較農業・経済学専修に改称 | |||
| 6月 | 寄付講座｢食シグナル･生体統御系間相互作用（明治乳業）｣設置（時限による転換､設置期間5年間） | ||
| 7月 | 21世紀のCOEプログラムに「生物多様性・生態系再生研究拠点」が採択される | ||
| 10月 | 生命科学総合研究棟竣工 |  生命科学総合研究棟（平成18年撮影） |
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| 12月 | 寄付講座｢機能性食品ゲノミクス（ILSI Japan）」設置（設置期間5年間） | ||
| 平成16年(2004年) | 4月1日 | 国立大学法人法の規定により｢国立大学法人 東京大学｣となる | |
| 4月 | 森林科学専攻樹木実験圃場を農学生命科学研究科附属施設の1つに加え､小石川樹木園と改称 | ||
| 7月 | アグリバイオインフォマティクス人材養成ユニット開設（設置期間5年間） | 文部科学省科学技術振興調整費振興分野人材養成の予算により発足。 | |
| 国際学術課を教務課に改称し、総務課総務事務室（８掛）を教務課（４係）に再編 | |||
| 平成17年(2005年) | 4月 | 生物環境科学課程にフィールド科学専修を新たに設置、5課程22専修となる | |
| 放射線育種共同利用施設を放射線育種場共同利用施設と改称 | |||
| アジア生物資源環境研究センター（学内協同教育研究施設）設置（時限による転換） | |||
| 平成18年(2006年) | 1月 | アグリコクーン産学官民連携型農学生命科学研究インキュベータ機構開設 | 文部科学省 「魅力ある大学院教育」イニシアティブの予算により発足。 |
| 4月1日 | 3課程15専修制の発足（平成18年度入学生より適用） | 応用生命科学課程（生命化学・工学専修、応用生物学専修、森林生物科学専修、水圏生命科学専修、動物生命システム科学専修、生物素材化学専修）､環境資源科学課程（緑地生物学専修、森林環境資源科学専修、水圏生産環境科学専修、木質構造科学専修、生物・環境工学専修、農業・資源経済学専修、フィールド科学専修、国際開発農学専修）､獣医学課程（獣医学専修）の3課程15専修を設置した｡ | |
| 寄付講座｢植物医科学（池田理化）｣設置（設置期間5年間） | |||
| 4月 | 技術基盤センターを農学生命科学研究科附属施設の1つに加えた | ||
| 11月 | 食の安全研究センター設置 | ||
| 平成19年(2007年) | 1月 | 家畜病院を動物医療センターと改称 | |
| 寄付講座「共生社会基盤形成を通じた国土の保全管理（前田建設工業・熊谷組）」設置（設置期間３年間） | |||
| 4月 | 寄付講座「味覚サイエンス（日清食品）」設置（設置期間５年間） | ||
| 事務組織を係制からチーム制に移行（附属施設を除く） | |||
| 平成20年(2008年) | 3月 | 二宮果樹園閉園 | |
| 8月 | 弥生講堂アネックス竣工 |  弥生講堂アネックス（平成22年撮影） |
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| 12月 | 寄付講座「機能性食品ゲノミクス（ILSI JAPAN）」設置（時限による転換、設置期間５年間） | ||
| 平成21年(2009年) | 7月 | 農学生命科学図書館リニュアールオープン |  農学生命科学図書館（平成21年撮影） |
| 平成22年(2010年) | 4月 | 生態調和農学機構を設置。農場と緑地植物実験所を改組し、演習林田無試験地の教育研究機能を組み入れた。 | |
| バイオトロンおよび小石川樹木園を技術基盤センターに統合。 | |||
| 10月 | 国際農業開発学コースを設置 | ||
| 12月 | フードサイエンス棟竣工 |  フードサイエンス棟（平成23年撮影） |
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| 平成23年(2011年) | 4月 | 寄付講座「木質構造学（JKHD）」設置（設置期間３年間） | |
| 寄付講座「植物医科学（イオン１％）」設置（設置期間３年間） | |||
| 6月 | 演習林の研究部を企画部と教育研究センターに改組 | ||
| 田無試験地を田無演習林に改称 | |||
| 愛知演習林を生態水文学研究所に改称 | |||
| 富士演習林を富士癒しの森研究所に改称 | |||
| 平成24年(2012年) | 2月 | 生命科学総合研究棟Ｂ竣工 |  生命科学総合研究棟Ｂ（平成24年撮影） |
| 3月 | 緑地植物実験地閉所 | ||
| 4月 | 寄付講座「味覚サイエンス（日清食品）」設置（時限による転換、設置期間５年間） | ||
| 農学部教育課程3課程15専修を3課程14専修へ移行 | |||
| 10月 | 寄付講座「微生物潜在機能探索（公益財団法人発酵研究所）」設置（設置期間５年間） | ||
| 平成25年(2013年) | 4月 | 技術部を設置 | |
| 12月 | 寄付講座「機能性食品ゲノミクス（ILSI JAPAN）」設置（時限による転換、設置期間5年間) | ||
| 平成26年(2014年) | 4月 | 寄付講座「木質構造学(JKHD)設置(時限による転換、設置期間2年間) | |
| 寄付講座「植物医科学(ニッポンジーン)」設置(時限による転換、設置期間5年間) | |||
| 平成27年(2015年) | 3月 | 弥生キャンパス内に「上野英三郞博士とハチ公の像」建立 |  東大ハチ公物語～ハチ公と上野英三郎博士の像を作る会より |
| 5月 | 寄付講座「食と生体機能モデル学（フォーデイズ）」設置（設置期間５年間） | ||
| 平成28年(2016年) | 4月 | 社会連携講座「栄養・生命科学（サントリーグローバルイノベーションセンター株式会社）」設置（設置期間５年間） | |
| 連携講座「エコロジカル・セイフティー学」設置(時限による転換、設置期間5年) | |||
| 8月 | 寄付講座「バイオマス・ショア（光友ファシリティーズ）」設置（設置期間３年間） | ||
| 10月 | 寄付講座「醸造微生物学（キッコーマン）」設置（設置期間５年間） | ||
| 11月 | 社会連携講座「育種ゲノミクス」設置（設置期間５年間） | ||
| 平成29年(2017年) | 2月 | 寄付講座「養生訓を科学する医食農連携(共生バンク)」設置(設置期間5年間) | |
| 4月 | 放射性同位元素施設をアイソトープ農学教育研究施設に改称 | ||
| 寄付講座「味覚サイエンス(日清食品)」設置(時限による転換、設置期間5年間) | |||
| 6月 | 社会連携講座「健康栄養機能学」設置（設置期間３年） | ||
| 10月 | 寄付講座「微生物潜在酵素(天野エンザイム)」設置(設置期間5年) | ||
| 連携研究機構「ワンヘルス連携研究機構」設置(設置期間10年) | |||
| 平成30年(2018年) | 2月 | 連携研究機構「微生物科学イノベーション連携研究機構」設置（設置期間３年４ヶ月間） | |
| 4月 | 寄付講座「バイオマス・ショア（光友ファシリティーズ）」を寄付講座「バイオマス・ショア（三菱ガス化学）」に名称変更 | ||
| 連携研究機構「地域未来社会連携研究機構」設置（設置期間10年間） | |||
| 9月 | One Earth Guardians育成機構を設置 |  |
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| 12月 | 連携研究機構「微生物科学イノベーション連携研究機構」の設置期間を３年４ヶ月間から10年間に期間変更 | ||
| 平成31年(2019年) | 3月 | 寄付講座「バイオマスショア（三菱ガス化学）」の設置期間を３年間から３年８ヶ月間に期間変更 |
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| 4月 | 連携研究機構「生命倫理連携研究機構」設置（設置期間10年間） | ||
| 寄付講座「食品機能学」設置（設置期間５年間） | |||
| 寄付講座「動物疾患データ解析」設置（設置期間３年間） | |||
| 寄付講座「植物医科学」設置（時限による転換、設置期間５年間） | |||
| 9月(令和元) | 寄付講座「持続可能な自然再生科学研究」の設置（設置期間５年間） | ||
| 令和2年(2020年) | 1月 | 寄付講座「養生訓を科学する医食農連携（共生バンク）」を寄付講座「養生訓を科学する医食農連携寄付講座（メディカルビアーラ）」に名称変更、設置期間を５年間から５年２ヶ月間に期間変更 | |
| 2月 | 連携研究機構「知能社会創造研究センター」設置（設置期間10年） | ||
| 3月 | 寄付講座「食の健康科学(ニップン)」設置(設置期間3年間) | ||
| 寄付講座「バイオマス・ショア(三菱ガス化学)」を寄付講座「バイオマス・ショア」に名称変更、設置期間を3年8ヶ月間から4年8ヶ月間に期間変更 | |||
| 4月 | 連携研究機構「海洋アライアンス連携研究機構」設置(設置期間10年) | ||
| 連携研究機構「高齢社会総合研究機構」設置(設置期間10年) | |||
| 5月 | 寄付講座「食と生体機能モデル学」設置（時限による転換、設置期間５年間） | ||
| 6月 | 社会連携講座「健康栄養機能学」設置（時限による転換、設置期間３年間） | ||
| 12月 | 連携研究機構「スポーツ先端科学連携研究機構」設置（設置期間9年4ヶ月) | ||
| 令和3年(2021年) | 2月 | 連携研究機構「放射線科学連携研究機構」設置(設置期間6年2ヶ月) | |
| 連携研究機構「災害・復興知連携研究機構」設置(設置期間10年) | |||
| 4月 | 連携研究機構「統合ゲノム医科学情報連携研究機構」設置(設置期間10年) | ||
| 連携研究機構「デジタル空間社会連携研究機構」途中参加(設置期間10年/2020~) | |||
| 社会連携講座「微生物エコテクノロジー」の設置(設置期間3年間) | |||
| 社会連携講座「地球規模感染症制御学」の設置(設置期間5年間) | |||
| 社会連携講座「栄養・生命科学」の設置(時限による転換、設置期間5年間) | |||
| アジア生物資源環境研究センターが改組し、農学生命科学研究科附属施設となる | |||
| 生物生産工学研究センターが改組し、アグロバイオテクノロジー研究センターに改称され、農学生命科学研究科附属施設となる | |||
| 寄付講座「微生物膜輸送工学」設置(改組による再編、設置期間5年5ヶ月間/2019~) | |||
| 寄付講座「微生物代謝工学」設置(改組による再編、設置期間4年間/2020~) | |||
| 寄付講座「木材利用システム学」設置(改組による再編、設置期間3年6ヶ月/2019~) | |||
| 連携講座「エコロジカル・セイフティー学」設置(時限による転換、設置期間5年間) | |||
| 農学系事務部を農学部・農学生命科学研究科事務部に改称 | |||
| 10月 | 寄付講座「醸造微生物学(キッコーマン)」設置(時限による転換、設置期間4年6ヶ月間) | ||
| 11月 | 寄付講座「OSG国際防疫獣医学」設置(設置期間5年間) | ||
| 寄付講座「フィールドフェノミクス」設置(設置期間3年5ヶ月間) | |||
| 12月 | 社会連携講座「健康栄養機能学」設置（時限による転換、設置期間３年間） | ||
| 令和4年(2022年) | 3月 | 寄付講座「食の健康科学(ニップン)」の設置(時限による転換、設置期間3年間) | |
| 4月 | 寄付講座「木材利用システム学」設置(時限による転換、設置期間3年間) | ||
| 寄付講座「食と動物のシステム科学」の設置期間を3年間から4年間に期間変更 | |||
| 社会連携講座「シグナルペプチドーム研究」設置(設置期間3年間) |